عنوان -------------------------------- صفحه

فصل اول: کلیات ایمنی در آزمایشگاه     1

روش نگارش گزارش کار     1

ایمنی در آزمایشگاه 1

روش نگارش گزارش کار     4

لوازم و ظروف شیشه ‌ای اصلی مورد استفاده در آزمایشگاه بیوشیمی   8

استوانه مدرج        9

بالن ژوژه یا بالن حجمی       9

بورت     11

پیپت      12

سمپلر یا  نمونه بردار           15

ترازوی وزن بالا    16

ترازوی حساس تجزیه ای      17

منابع بیشتر جهت مطالعه       19

فصل دوم: محلول‌سازی- رقت‌ها          21

مول       22

مولاریته  24

مولالیته   26

مفاهیم حلالیت و رقت           27

درجه حرارت        28

اهمیت حلالیت       28

رقت       30

رقت ‌های سریالی   32

تهیه بافر‌ها           35

منابع جهت مطالعه بیشتر       37

فصل سوم:  PH، بافرها        39

تعریف     PH         39

اندازهگیری PH      40

کاغذ‌های شاخصPH                41

PH  متر  43

روش اندازه گیری PH  به کمک PH متر           44

کالیبراسیون PH متر            44

بافر        46

تعریف بافر           46

مولفه‌های بافر        46

عملکرد بافرها       46

بافر و معادله هندرسن – هسل باخ        47

ظرفیت بافری        48

منابع جهت مطالعه بیشتر       53

فصل چهارم: آشنایی با اسپکتروفتومتری جذبی (UV- VISIBLE)           55

مقدمه     56

نور و طیف نوري  56

قانون بير – لامبرت 58

سنجشهاي کیفی      61

سنجشهای کمّی      61

اندازه‌گیری کمّی به كمك كدورت سنجي  62

اندازه‌گیری کمّی با روش رنگسنجی      62

روش كار با دستگاه اسپكتروفتومتر       63

آزمایش 4-1- مطالعه طیف جذب محلول‌های ماده رنگی      64

آزمایش 4-2- تعیین غلظت یک نمونه مجهول      65

منابع جهت مطالعه بیشتر       67

فصل پنجم: اسیدهای آمینه و پروتئین‌ها   69

پروتئين ها            70

اسيدهاي آمينه        73

سنجش کیفی اسیدهای آمینه و پروتئین ها 78

آزمایش 5-1- سنجش کیفی گروه آلفا آمینو ی آزاد به کمک تست نین هیدرین      78

آزمایش 5-2- سنجش کیفی پیوندهای پپتیدی با تست بیوره    80

آزمایش 5-3- سنجش کیفی گروه های جانبی به کمک تست سولفور      81

آزمایش5-4- زانتوپروتیک    83

رفتار تاخوردن پروتئین ها     84

کاربرد خواص نقطه ایزوالکتریک در ترسیب پروتئین ها     87

آزمایش ۵-۵-آشنایی با ویژگی ایزوالکتریک برای ترسیب پروتئین ها   87

آزمایش 5-6- دناتوره شدن پروتئین ها توسط مواد شیمیایی   88

سنجش کمی اسید های آمینه و پروتئین ها            89

روش بیوره          90

روش لوری LOWRY             90

آزمایش 5-7- روش لوری در سنجش کمی پروتئین ها         91

روش برادفورد BRADFORD 92

مزایای روش برادفورد         94

آزمایش 5-8- روش برادفورد 95

روش تهیه محلول استاندارد پروتئین      95

روش اصلاح شده برادفورد    97

روش بیسینکُنینیک اسید  (BCA OR BICINCHONINIC ACID)          98

روش اسکپتروفتومتری UV    98

منابع جهت مطالعه بیشتر       99

فصل ششم: کربوهیدرات‌ها     101

مقدمه     102

نام گذاری کربوهیدرات ها     102

طبقه بندی کربوهیدرات ها     103

خواص عمومی کربوهیدرات ها           109

آزمایش 6-1ـ بخش الف  : تست مولیش  110

آزمایش 6-1- بخش ب: آزمایش سیلوانف            111

آزمایش 6-2- آزمایش بندیکت 112

آزمایش 6-3- تعیین قدرت کاهندگی قندها به کمک اسید ۳ و ۵- دی نیتروسالیسیلیک         115

جداول آزمایشات    117

منابع جهت مطالعه بیشتر       119

فصل هفتم: لیپیدها   121

درک تجزیه و تحلیل کمّی لیپیدها          121

طبقهبندی لیپید‌ها    122

۱- ليپيدهاي ساده    122

۲- لیپیدهای پیچیده  124

آزمایش 7-1- حلالیت          125

آزمایش 7-2- بررسی درجه غیر اشباعیت          127

 آزمایش 7-3- خواص صابون و پاک کننده ها      127

منابع جهت مطالعه بیشتر       131

فصل هشتم: کروماتوگرافی     133

کروماتوگرافی بیومولکول ‌ها  133

کروماتوگرافی: روش کلیدی جهت جداسازی و شناسائی بیومولکول ‌ها  134

انواع روش‌های کروماتوگرافی            135

تئوری صفحه ‌ای    137

کروماتوگرافی کاغذی          137

کروماتوگرافی لایه نازک       138

کروماتوگرافی تعویض یون    142

جداسازی مولکولهای جذب شده به ستون 145

کروماتوگرافی تمایلی           145

فاز ساکن در کروماتوگرافی تمایلی       145

کاربرد کروماتوگرافی در علوم زیستی و بهداشتی  148

کروماتوگرافی کاغذی          148

کروماتوگرافی لایه نازک       148

کروماتوگرافی اختصاصی براساس اندازه            149

کروماتوگرافی تعویض یون    150

کروماتوگرافی تمایلی           150

آزمایش8-1 جداسازی اسیدهای آمینه به روش TLC 150

آزمایش 8-2- روش‌های کروماتوگرافی جدا سازی لیپید       157

جداسازی اجزء لیپید به روش TLC          159

منابع جهت مطالعه بیشتر       161

فصل نهم: آنزیم‌ها   163

آنزیم ها   163

سینتیک آنزیم ها     165

روش میکائیلیس - منتن        166

ثابت میکائیلیس و منتن یا KM 167

منحنی لینویور- برک           168

آزمایش 9-1- سینتیک آنزیم -Α آمیلاز   169

آزمایش 9-2-  تاثیر PH بر سرعت واکنش آنزیم   173

آزمایش 9-3-  تخمیر گلوکز توسط مخمر            173

منابع جهت مطالعه بیشتر       176

فصل دهم: اسیدهای نوکلئیک  177

مقدمه     177

بازهای آلی           178

بازهای آلی پورین و پیریمیدین 178

تجزیه و تحلیل DNA               179

آزمایش 10-1- جداسازی DNA با وزن مولکولی بالا         180

فصل یازدهم: الکتروفورز      183

روش‌های جداسازی الکتروفورتیک پیشرفته برای ژنوم و پروتئوم       183

مفاهیم پایه الکتروفورز         184

الکتروفورز چگونه کار می‌کند؟           185

اجزای سیستم الکتروفورز      186

چرا مولکول ها تحت تاثیر میدان الکتریکی در محیط آبی حرکت می‌کنند؟          186

انواع الکتروفورز   188

الكتروفورز افقي     188

الكتروفورز عمودي 189

مواد مورد استفاده در ساخت ژل پلي اكريل آميد    189

طریقه ساخت ژل پلي اكريل آميد          191

مواد مورد استفاده جهت رنگ آميزي ژل پلي اكريل آميد      192

نحوه رنگ آميزي ژل پلي آكريل آميد    192

الکتروفورز پروتئين ها         193

روش متداول SDS-PAGE پروتئين ها   194

رنگ آمیزی با کوماسی آبی ۲۵۰R -      200

 ایزوالکتریک فوکوسینگ یا IEF             202

الکتروفورز ژل دو بعدی (D 2)              203

ایمونو الکتروفروز (IEP)        204

الکتروفروز ژل میدان پالسی یا PFGE    205

الکتروفروز موئینگی (CF)     207

منابع جهت مطالعه بیشتر       208

فصل دوازدهم: الکتروفورز DNA          211

الکتروفورز ژل آگاروز DNA 211

مقدمه     211

اصول الکتروفورز  211

قاعده کلی الکتروفوروز ژل آگاروز DNA              212

میزان مهاجرت الکتروفورزی DNA از طریق ژل آگارز     213

تحرک قطعات DNA               214

ترکیب DNA           216

بافرهای الکتروفورز            217

بافر EDTA تریس استات       217

بافر EDTA تریس بورات      218

بافر تریس فسفات   219

اندازه ژل 220

غلظت نمونه         220

رنگ آمیزی ژل     224

تاریخچه اتیدیوم بروماید        226

اکنون ETBR کجاست؟          227

متیلن بلو (METHYLENE BLUE)          228

کریستال ویولت (CRYSTAL VIOLET)   228

سایبر سیف (SYBR SAFE)     229

ژل رد (GEL RED) 229

سایبر گرین (SYBR GREEN) 230

ژل گرین (GEL GREEN)      231

عکسبرداری ژل     232

شستشوی قطعات DNA  از ژل های آگاروز         233

شستشوی الکترونی (الکتروالوشن)       233

آنزیم هضم کننده آگاروز        234

پودر سیلیکا          235

رنگ آمیزی ژل برای بازیابی DNA      235

الکتروفورز آگاروز با وضوح بالا        243

پروتکل الکتروفورز آگاروز   243

پروتکل های بازیابی قطعات DNA  از ژل های آگاروز       246

پروتکل پودر سیلیکا 247

پروتکل ژلاز         250

عیب یابی در الکتروفورز      253

مشکلات مربوط به بازیابی قطعات DNA               254

عیب یابی روش پودر سیلیکا  255

اتصال برگشت ناپذیر قطعات به ذرات سیلیکا       255

برش مکانیکی قطعات DNA   256

ذوب شدن ناقص تکه آگاروز   256

منابع      257

فصل سیزدهم: واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز PCR))  259

مقدمه     259

سینتیک واکنش PCR               262

اجزای واکنش PCR 264

DNA پلی‌مراز       264

DNA الگو           265

آغازگر    266

طراحی پرایمر       267

نوکلئوزیدتری فسفات (DNTP)               269

انواع DNA پلی‌مراز            271

DNA  پلی‌مرازهای ویرایشگر مقاوم به حرارت    271

انتخاب آنزیم ویرایشگر         272

DNA  پلی‌مرازهای VENT و  TLI         272

DNA  پلی‌مراز  DEEP VENT              273

DNA  پلی‌مراز  PFU            273

آنزیم‌های  EXO       273

DNA پلی‌مراز PWO             274

DNA  پلیمراز  UITMA        274

DNA  پلیمراز  KOD HIFI     274

مراحل PCR            275

نگهداری نهایی (FINAL HOLD)            277

پروتکل   278

انواع  PCR             284

PCR چندتایی (MULTIPLEX PCR)       284

طراحی و اجرای  MULTIPLEX PCR   285

تیتراسیون اجزای واکنش       286

REAL-TIME PCR 286

روشهاي سنجش REAL-TIME PCR       287

RT-PCR 287

NESTED-PCR       288

PCR  نامتقارن (ASYMMETRIC PCR) 288

HOT-START PCR 289

روش آرمز _ PCR 290

(AMPLIFICATION REFRACTORY MUTATION SYSTEM-PCR) ARMS-PCR         290

TOUCHDOWN PCR           290

کاربردهای  PCR    291

منابع      292

فصل چهاردهم: شبیه‌سازی ژن‌ها (CLONING)     293

مقدمه     293

ابزارهای کار کلونینگ         294

مراحل اصلی در شبیه سازی ژن          294

آنزیم‌های مورد استفاده در کلونینگ       295

وکتورهای کلونینگ 300

معیارهای انتخاب  وکتور کلونینگ       301

اندازه DNA قرار گرفته در وکتور        301

تعداد رونوشت       302

مارکر انتخابی       304

سایت‌های کلونینگ چندتایی  (MCS)      306

باکتریوفاژ ها         307

کاسمیدها  309

فاسمیدها  310

میزبان‌ ها 310

انتقال      310

غربالگري            313

استخراج پلاسميد و تعیین تعداد نسخه های آن       318

تهیه محیط کشت باکتری       319

کشت خطی و کشت مایع باکتری DH5Α 320

واکنش پیوند (لیگاسیون)       322

انتقال پلاسمیدها به باکتری (ترانسفورماسیون)      322

روش تهیه محلول‌های IPTG و X-GAL  324

استخراج پلاسمید نوترکیب به روش دستي           325

فصل پانزدهم: مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک           331

بیوانفورماتیک       331

تعامل بیوانفورماتیک با سایر رشته‌ها     333

پایگاه داده       334

پایگاه دادهها در علوم زیستی  335

پایگاه اطلاعات اولیه دادههای زیستی    336

پایگاه های اطلاعات اولیه توالی DNA    337

معرفی پایگاه NCBI 338

منابع بیشتر جهت مطالعه       341