ژئوشیمی آلی شاخه‌ای از علم ژئوشیمی است که فرآیندهای موثر در کنترل فراوانی، ترکیب و توزیع ترکیبات آلی و وضعیت ایزوتوپی آنها در محیط‌های زمین‌شناسی را مورد مطالعه قرار می‌دهد. ژئوشیمی نفت را می‌توان بصورت کاربرد عملی علم ژئوشیمی آلی در زمینه اکتشاف و تولید پترولیوم تعریف نمود. در واقع ژئوشیمی نفت از اصول کلی علم ژئوشیمی آلی بعنوان ابزاری جهت شناسایی ذخایر هیدروکربنی، مطالعه نحوه شکل‌گیری آنها و کمک در جهت کاهش مشکلات تولید و افزایش بهره‌وری استفاده می‌کند.

علم ژئوشیمی آلی با درنظرگرفتن متغیرهای مختلف کنترل­‌کننده حجم هیدورکربن قابل­‌تجمع نظیر کیفیت و غنای سنگ منشاء، بلوغ حرارتی و بررسی زمان تولید/مهاجرت/تجمع هیدروکربن­‌ها نسبت به زمان شکل‌­گیری تله نفتی، کارایی پروژه­‌های اکتشافی را افزایش می­‌دهد.

 امروزه ژئوشيمي نفت به عنوان علمی بالغ و کامل معرفی شده است كه علاوه بر اثبات كارایي آن در مقوله اكتشاف، كاربردهای نوين آن در مديريت مخازن، توليد، توسعه و ازدیاد برداشت نیز مورد توجه قرار گرفته است. برای نیل به این مهم، ژئوشیمیست­‌ها اطلاعات حاصل از مطالعات ژئوشیمیایی را با نتایج حاصل از دیگر مطالعات نظیر مطالعات زمین­ شناسی، پتروفیزیک، لرزه­ نگاری و مهندسی مخزن تلفیق نموده و با بهره‌­گیری از روش­‌های مطالعاتی نوین و درنظر گرفتن تمامی پارامتر­های ممکن، تفاسیر کاربردی و مفیدی را در مراحل مختلف اکتشاف، تولید و ازدیاد برداشت ارائه می‌­دهند. در واقع ژئوشیمیست‌ها ویژگی‌های ژئوشیمیایی هیدروکربن‌های تجمع‌یافته در مخازن را همزمان با مطالعه سنگ‌های منشاء مورد بررسی قرار داده و ابزارهای مختلف ژئوشیمیایی را جهت کمک به حل مشکلات مخزنی و تولید، مورد استفاده قرار می‌دهند. ابزارهای ژئوشیمیایی شامل آنالیزهای آزمایشگاهی و اندازه ­گیری­ های سرچاهی می‌باشند که براساس اصول اولیه علم ژئوشیمی آلی و در چهارچوب مطالعات مخزنی مورد استفاده قرار می‌گیرند. در این فصل، به تاریخچه ژئوشیمی نفت و عوامل موثر بر ترکیب هیدروکربن­ها در مخازن هیدروکربنی پرداخته خواهد شد. 

‫فصل ‪ :1‬کلیات ژئوشیمی نفت‬

‫فصل ‪ :2‬آنالیزهای ژئوشیمی آلی‬

‫فصل ‪ :3‬کاربرد علم ژئوشیمی در شناسایی زون های تولیدی‪.‬‬

‫فصل ‪ :4‬کاربرد علم ژئوشیمی در شناسایی سطوح سیال‬

‫فصل ‪ :5‬کاربرد علم ژئوشیمی در بررسی رسوب آسفالتین‬

‫فصل ‪ :6‬کاربرد علم ژئوشیمی در ارزیابی پیوستگی مخزن و شناسایی‌ بخش ‌شدگی

‫فصل ‪ :7‬کاربرد علم ژئوشیمی در شناسایی منشاء سولفید هیدروژن مخازن‬

‫فصل ‪ :8‬کاربرد علم ژئوشیمی در تعیین سهم تولید‬

‫فصل ‪ :9‬کاربرد علم ژئوشیمی در ارزیابی و پایش رو ‌شهای ازدیاد برداشت از مخازن‬

‫فصل ‪ :10‬کاربرد علم ژئوشــیمی در تشخیص مشکلات تولید با انجام نمونه برداری‬ دوره ای

‫فصل ‪ :11‬کاربرد علم ژئوشیمی در شناسایی منشاء آلودگیهای نفتی‬

‫فصل‪:12‬کاربردعلم ژئوشیمی درشناسایی عناصرارزشمندشورابه های هیدروکربنی‬

‬