کتاب مبانی بیوانفورماتیک کاربردی با تمرکز بر به روزترین مطالب درباره پایگاههای داده و رایانش ابری دادههای زیستی نگاشته شده است. از آنجا که در سالهای اخیر پایگاههای داده و نحوه استفاده از آنها برای تحلیل دادههای زیستی به شدت متحول شده، رایانش ابری متداول گردیده و تحلیل اطلاعات در سیستمهای کامپیوتر محلی دیگر چندان مورد استفاده نیست. در این کتاب جدیدترین روشهای استفاده از به روزترین پایگاههای داده آموزش داده شده است. تحلیل، بررسی و ذخیره اطلاعات همگی به صورت ابری و بدون نیاز به صرف هزینه برای سیستم محلی، ذخیرهسازی، نرمافزارها و پروژهها انجام گرفته است. هدف کاربردی بودن مبانی در این کتاب با انتقال مفاهیم دقیق و گزیده محقق شده است.
در منابع محدودی که به صورت ترجمه و تألیف برای مبانی بیوانفورماتیک موجود هستند، میتوان به دو نقطه ضعف عمده اشاره کرد؛ یکی، کاربردی بودن افراطی به معنی تمرکز بر معرفی و آموزش استفاده از نرمافزارها و پایگاههای داده و دیگری تئوری گسترده و تمرکز بر تشریح مفاهیم زیستی، آمار، ریاضی و مدلسازی. در این کتاب تلاش شده که ضمن پرداختن به هر دو جنبه، توازن بار معنایی میان تئوری و کاربرد بر قرار باشد.
فصل اول مفاهیم، شاخهها و تاریخچه بیوانفورماتیک ۱۳
۱-۱ تعریف بیوانفورماتیک و معرفی اجمالی مهمترین شاخهها ۱۳
۲-۱ دانش میانرشتهای
۳-۱ خلاصهای از تاریخچه بیوانفورماتیک ۱۷
۴-۱ حوزههای کاربردی بیوانفورماتیک ۱۸
فصل دوم پایگاههای داده ۲۱
۱-۲ پروتئینها ۲۱
۱-۱-۲ PDB ۲۱
۲-۱-۲ SCOP ۲۸
۳-۱-۲ CATH ۳۳
۲-۲ ریزمولکولها: Pubchem ۳۶
۳-۲ ژنها: NCBI ۴۱
۱-۳-۲ منابع NCBI ۴۲
۲-۳-۲ RefSeq ۴۲
۳-۳-۲ جستوجو در NCBI ۴۲
۴-۳-۲ Genome Data Viewer۴۵
۴-۲ تمرین ۴۸
فصل سوم همردیفی توالی ۵۰
۱-۳ مفاهیم ۵۰
۲-۳ نمایش همردیفی ۵۱
۳-۳ ماتریسهای همردیفی ۵۲
۱-۳-۳ توالیهای نوکلئوتیدی: ماتریسهای همانی ۵۲
۲-۳-۳ توالیهای پروتئینی: ماتریسهای جایگزینی ۵۳
۴-۳ همردیفی سراسری و موضعی ۵۵
۱-۴-۳ همردیفی سراسری ۵۵
۲-۴-۳ همردیفی موضعی ۵۶
۵-۳ همردیفی چندگانه توالی ۵۷
۶-۳ انجام همردیفی به کمک NCBI ۵۸
۷-۳ ابزار پایهای جستجو همردیفی موضعی (BLAST) ۶۴
فصل چهارم درخت تبارزایشی ۶۹
۱-۴ مفاهیم و کاربردهای درخت تبارزایشی ۷۰
۲-۴ ساختار و اجزای درخت تبارزایشی ۷۱
۳-۴ رویکرد بهینگی- حداکثری و تکامل حداقلی ۷۲
۴-۴ رسم درخت تبارزایی به کمک NCBI ۷۴
۵-۴ تمرین ۸۰
فصل پنجم مدلسازی با استفاده از همولوژی ۸۲
۱-۵ مفاهیم ۸۲
۲-۵ مراحل مدلسازی همولوژی ۸۲
۳-۵ مدلسازی با استفاده از SWISS-MODEL ۸۴
۴-۵ تمرین ۹۳
منابع ۹۴
دسته بندی موضوعی | موضوع فرعی |
فنی و مهندسی |
مهندسی شيمي
|