کتاب مبانی بیوانفورماتیک کاربردی با تمرکز بر به روزترین مطالب درباره پایگاه‌های داده و رایانش ابری داده‌های زیستی نگاشته شده است. از آنجا که در سال‌های اخیر پایگاه‌های داده و نحوه استفاده از آن‌ها برای تحلیل داده‌های زیستی به شدت متحول شده، رایانش ابری متداول گردیده و تحلیل اطلاعات در سیستم‌های کامپیوتر محلی دیگر چندان مورد استفاده نیست. در این کتاب جدیدترین روش‌های استفاده از به روزترین پایگاه‌های داده آموزش داده شده است. تحلیل، بررسی و ذخیره اطلاعات همگی به صورت ابری و بدون نیاز به صرف هزینه برای سیستم محلی، ذخیره‌سازی، نرم‌افزارها و پروژه‌ها انجام گرفته است. هدف کاربردی بودن مبانی در این کتاب با انتقال مفاهیم دقیق و گزیده محقق شده است.

 در منابع محدودی که به صورت ترجمه و تألیف برای مبانی بیوانفورماتیک موجود هستند، می‌توان به دو نقطه ضعف عمده اشاره کرد؛ یکی، کاربردی بودن افراطی به معنی تمرکز بر معرفی و آموزش استفاده از نرم‌افزارها و پایگاه‌های داده و دیگری تئوری گسترده و تمرکز بر تشریح مفاهیم زیستی، آمار، ریاضی و مدل‌سازی.  در این کتاب تلاش شده که ضمن پرداختن به هر دو جنبه، توازن بار معنایی میان تئوری و کاربرد بر قرار باشد.

 فصل اول مفاهیم، شاخه‌ها و تاریخچه بیوانفورماتیک 13

 1-1 تعریف بیوانفورماتیک و معرفی اجمالی مهم‌ترین شاخه‌ها 13

 2-1 دانش میان‌رشته‌ای

 3-1 خلاصه‌ای از تاریخچه بیوانفورماتیک 17

 ‌4-1 حوزه‌های کاربردی بیوانفورماتیک 18

 فصل دوم پایگاه‌های داده 21

 1-2 پروتئین‌ها 21

 1-1-2 PDB  21

 2-1-2  SCOP  28

 3-1-2 CATH  33

 2-2 ریزمولکول‌ها: Pubchem  36

 3-2 ژن‌ها: NCBI  41

 1-3-2 منابع NCBI  42

 2-3-2  RefSeq  42

 3-3-2 جست‌وجو در NCBI  42

 4-3-2  Genome Data Viewer45

 4-2 تمرین 48

 فصل سوم هم‌ردیفی توالی 50

 1-3 مفاهیم 50

 2-3 نمایش هم‌ردیفی 51

 3-3 ماتریس‌های هم‌ردیفی 52

 1-3-3 توالی‌های نوکلئوتیدی: ماتریس‌های همانی 52

 2-3-3 توالی‌های پروتئینی: ماتریس‌های جایگزینی 53

 4-3 هم‌ردیفی سراسری و موضعی 55

 1-4-3 هم‌ردیفی سراسری 55

 2-4-3 هم‌ردیفی موضعی 56

 5-3 هم‌ردیفی چندگانه توالی 57

 6-3 انجام هم‌ردیفی به کمک NCBI 58

 7-3 ابزار پایه‌ای جستجو هم‌ردیفی موضعی (BLAST) 64

 فصل چهارم درخت تبارزایشی 69

 1-4 مفاهیم و کاربردهای درخت تبارزایشی 70

 2-4 ساختار و اجزای درخت تبارزایشی 71

 3-4 رویکرد بهینگی- حداکثری و تکامل حداقلی 72

 4-4 رسم درخت تبارزایی به کمک NCBI 74

 5-4 تمرین 80

 فصل پنجم مدل‌سازی با استفاده از همولوژی 82

 1-5 مفاهیم 82

 2-5 مراحل مدل‌سازی همولوژی 82

 3-5 مدل‌سازی با استفاده از SWISS-MODEL 84

 4-5 تمرین 93

 منابع  94