دیدگاه انسان نسبت به پدیده های اطرافش همیشه بر اساس مشاهده های تجربی و یا مطالعه های نظری شکل گرفته است. اما در چند دهه اخیر با تحول مهم علوم رایانه ای، دانشمندان توسط شبیه سازی ها توانسته اند فرآیندهای متفاوتی را از جنبه های مختلف دقیقا بررسی کنند.

مقدمه ای بر مبانی نظری روش های محاسباتی

کاربرد انواع روش های محاسباتی و شبیه سازی در سیستم

برهمکنش هککای غیر پیوندی

پتانسیلواندروالس

پتانسیل الکترواستاتیک

برهمکنش های پیوندی

پتانسیل انبساط پیوند

پتانسیل زاویه پیوند

پتانسیل چرخشی

قیدها

روش مونت کارلو

روش دینامیک مولکولی

پیشینه شبیه سازی دینامیک مولکولی

زمینه های کاربردی

اصول و مبانی دینامیک مولکولی

معادله های حرکت

دینامیک نیوتنی

دینامیک لاگرانژی

دینامیک همیلتونی

انتکرال گیری از معادله های حرکت نیوتن

الکوریتم ورله

الکوریتم سرعت ورله

الگورتیم جهشی ورله

انواع هنگرد در شبیه سازی دینامیک مولکولی

هنگرد میکرو کلونیکال(NVE)

هنکرد کانونیکال(NVT) یا هنگرددمای ثابت

هنگرد هم فشار- هم آنتالپی(NPT)

مراحل شبیه سازی دینامیک مولکولی

شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده

نرم افزارهای شبیه سازی دینامیک مولکولی