تنوع گونه­ای جزء جدایی­ناپذیر از تمام فرآیندهای اکوسیستم­ است و نقش اساسی بر تداوم خدمات اکولوژیکی بر زندگی بشر خواهد داشت زیرا جنگل متنوع طیف وسیعی از خدمات اکوسیستمی در اختیار زندگی بشر قرار خواهد داد. با این­حال تصمیم گیران به­ندرت تنوع زیستی را در برنامه­های مدیریتی می­گنجانند زیرا توجه به عملکرد تنوع زیستی نیازمند کمّی­سازی پارامترهای آن است. بنابراین اندازه­گیری تنوع شامل محاسبه انواع شاخص­ها و پارامترهای آن است و پژوهشگران نیازمند روش­های دقیق برای ثبت تنوع هستند. این کتاب به­طور اختصاصی بر روی بسته نرم­افزاری R به­منظور کمّی کردن تنوع تمرکز دارد و امکان اندازه­گیری و همچنین پایش پارامترهای تنوع گونه­ای را به نحو مطلوب و آسانی با استفاده از شناخته­شده­ترین و به­روزترین شاخص­ها در اختیار قرار می­دهد. R حاوی محدوده گسترده­ای از تکنیک­های آماری از جمله مدل­سازی خطی و غیر خطی، آزمون­های کلاسیک آماری، تحلیل سری­های زمانی، رده­بندی، خوشه­بندی و غیره و همچنین نرم­افزاری قدرتمند برای ایجاد اشکال گرافیکی و نمودارها است و قابلیت ارائه گرافیکی محاسبات را دارد. این نرم افزار یک زبان برنامه­نویسی و محیطی برای انواع محاسبات آماری و تحلیل داده است. محیطی آزاد، به زبان آماری که دستورالعمل­های اجرایی به صورت دستورهایی تایپ می­شوند و یا در قالب فضای گرافیکی هستند. در دسترس بودن اطلاعات، قابل اجرا بودن در انواع سیستم­های کامپیوتری، فراهم بودن امکان انواع محاسبات گرافیکی مانند شکل­ها، نمودارها و حتی نقشه­های رنگی و بسته­های متعددی برای تحقیق در زمینه­های مختلف علمی، از این محیط نرم­افزار متن باز به­عنوان جایگزینی بسیار مناسب برای نرم­افزارهای تجاری و بسیار گران قیمت و حتی گاهاً غیر قابل دسترس، ساخته است چرا که کیفیت نتایج خروجی آن با نسخه­های تجاری برابری می­کند و به یک محیط برنامه­نویسی برای قوی­ترین محاسبات آماری و گرافیکی تبدیل کرده است. 

فهرست مطالب

مقدمه. ‌ج

فصل اول. 1

معرفی نرم­افزار R.. 1

کلیاتی از زبان برنامه نویسی R.. 1

مزایای استفاده از نرم­افزار R.. 7

محدودیت­های R.. 12

بسته­ها یا پکیج­ها 13

مراحل نصب نرم­افزار R.. 14

منوی نر­م­افزار R.. 19

فصل دوم. 27

نصب و راه­اندازی بسته­ها در R.. 27

نحوه نصب و راه­اندازی بسته­ها 27

فصل سوم. 31

بسته R Commander 31

معرفی بسته R Commander 31

فهرست نوار ابزار بسته R Commander 33

فصل چهارم. 47

بسته BiodiversityR.. 47

معرفی و نحوه استفاده از بسته BiodiversityR.. 47

نصب بسته BiodiversityR (برای ویندوز) 48

فهرست منو و ابزارهای بسته BiodiversityR.. 56

فهرست اجمالی ابزارها 62

شاخص­های تنوع زیستی در بسته BiodiversityR.. 64

فصل پنجم. 73

تجزیه و تحلیل تنوع زیستی در بسته BiodiversityR.. 73

استفاده از بسته BiodiversityR در تحلیل تنوع زیستی.. 73

مرحله اول: آماده­سازی ماتریس داده 74

مرحله دوم: محاسبه شاخص­های تنوع. 79

فصل ششم. 75

مدل­های مطلوبیت زیستگاه در بسته BiodiversityR.. 75

کاربرد مدل­های مطلوبیت زیستگاه در بسته BiodiversityR (منوی ensemble ...) 75

ایجاد داده­های رستری.. 104

منابع.. 118

لغت­نامه تشریحی برخی از مهم­ترین توابع، آرگومان­ها و علائم در نرم افزار R.. 124